대법원의 재심 개시 과정에서 박상옥, 이기택 대법관은 반대의견을 제시하였다. 이 반대의견에는 “무죄 판결이 아닌 공소기각판결 만으로 피고인들의 명예가 회복된다고 보기는 어려울 것이다”고 밝혔다. 즉 공소기각판결은 무죄가 아니라는 취지의 의견이다. 또한 “공소기각판결이 선고･확정될 경우 오히려 추가적인 진상규명과 이에 기초한 보상･배상 등에 부정적인 영향을 미칠 우려가 있음을 지적하지 않을 수 없다”고 하였다. 공소기각판결의 전제에는 “검사의 공소 사실이 전제되지 않아 공소유지와 재판의 한계가 있을 수밖에 없다”는 점을 박상옥, 이기택 대법관은 우려하면서 이것이 재심 본안 재판에도 영향을 미칠 것이라고 하였다.
따라서 우리는 이러한 전제를 바탕으로 두 가지를 재판부에 요구하는 의견서를 제출한다.
첫째, 검사에게 공소유지를 할 수 있는 모든 기록은 물론이고 국가 기관(검찰, 경찰, 국방부, 국가기록원 등)의 자료를 공개할 것을 요구한다. 당시 군법회의와 관련된 ｢판결집행명령서｣는 이번 재판에 해당하는 ｢명령 3호｣만 있었던 것이 아니다. 이미 여러 기록과 논문 등에 ｢명령 3호｣를 비롯하여 ｢명령 5호｣, ｢명령 13호｣, ｢명령 17호｣ 등이 있다는 것이 밝혀졌다. 이런 ｢판결집행명령서｣는 당시 군법회의와 관련된 언론보도와 일치한다. 따라서 현재까지 나타난 ｢명령 3호｣, ｢명령 5호｣, ｢명령 13호｣, ｢명령 17호｣ 문건이 존재한다는 것은 더 많은 자료가 있을 수 있다는 것을 합리적으로 의심할 수 있다. 고로 이번 재심에서 가장 쟁점이 되는 군법회의 여부와 체포와 구금에서 불법적이거나 위법성을 명확하게 판가름하기 위해서라도 국가 기관에 존재하는 자료를 재판부에서 선제적으로 요구하여 줄 것을 촉구한다. 아울러 존재하는 자료를 공개해 줄 것을 촉구한다.
둘째, 재판부는 피고인들의 명예가 회복될 수 있도록 유･무죄를 명확히 판결해 줄 것을 강력히 요구한다. 앞서 대법관 박상옥, 이기택의 반대의견에서 제시되었던 것처럼, 공소기각판결은 이것도 아니고 저것도 아닌 판결이 될 수 있다. 따라서 재판부는 애매모호한 판결로 유족들의 염원을 짓밟는 일이 있어서는 안 될 것이다. 특히 김정아 재판장은 첫 번째 재판의 모두발언에서 “불법적 국가폭력으로 숨진 이들과 그들의 가족들을 위해 법에 정해진 대로 재판을 다시 여는 것은 국가의, 그리고 법원의 책임”이라고 밝혔다. 즉 이번 재판에 대해 결연한 의지와 사법부의 책임성을 강조한 만큼, 그 책임성을 다하는 판결로 유족들과 지역사회의 70여 년 동안 고통에 조금이라도 치유될 수 있는 길을 사법부가 열어줄 것을 간곡히 촉구한다.
여순사건 재심대책위원회