고온성 작물인 고추는 특히 온도가 15℃ 이하로 떨어지는 야간에 생육이 억제되고, 정상적인 수분 수정이 일어나지 않아 저온 장해를 받을 수 있으며, 저온 피해 예방을 위해서는 만상이 지난 후에 정식하고, 저온 피해가 우려될 때는 터널설치, 막 덮기 등의 적극적인 대응이 필요하다.
정식 초기에 저온 피해를 입었을 경우 다른 묘로 재정식 하고, 피해가 심하지 않은 포기는 요소 0.3% 액비나 영양제 등을 활용한 엽면시비로 생육을 촉진시켜 줘야 하며, 또한 고추의 안정적인 생산을 위해서는 정식 후부터 웃거름 적기 시비, 병해충 예찰 등 세심한 재배관리가 필요하며, 다수확을 위해 웃거름을 표준시비량에 맞춰 25~30일 간격으로 3~4회 나누어 주고, 최근 이상기온으로 생육초기에 병충해 피해가 예상됨에 따라 5월 하순부터 반드시 적용약제를 살포하고 수시로 병충해를 예찰해야 한다.